Han har blant annet vært høyskolelærer i Løgumkloster i perioden 1971–79 og prest i Sønder Bjert i perioden 1980–2003.Lissner ble pensjonert i 2003.
Holger Lissner har arbeidet mye med salmer, både som salmedikter og som (med)utgiver av samlinger av nye salmer og av korverker. Han har også skrevet de gjendiktninger av gudstjenestens ledd, som inngår i «Spillemandsmessen», en gudstjeneste med dansk spillemannsmusikk.
I Norge er han kjent for adventssalmen «Nå tenner vi vår adventskrans» som står i Norsk Salmebok, og for vinnersalmen i den europeiske "Reformation Song Contest 2015", til musikk av Åshild Watne.