Biografi J.P.E. Hartmann var sønn av musikeren August Wilhelm Hartmann og var utdannet som jurist, men også en dyktig orgelspiller og allerede som 19-åring i 1824 ble han utnevnt til organist ved Garnisons kirke og etterfulgte dermed sin far. I 1827 ble han lærer ved det nylig opprettede musikkonservatorium. Han hadde i tillegg jobb som sekretær i Den Borgerlige Indrulleringskommission.
Stillingen som organist hadde han til meget sent i livet, men etter hvert kom arbeidet med å skrive musikk til å ta mer tid. Han ble videre professor ved Københavns Universitet i 1849 og direktør for Musikkonservatoriet i 1890, da han etterfulgte Niels W. Gade. Hartmann var medstifter av Konservatoriet i 1867.
I 1836 var Hartmann med på å stifte Musikforeningen i København, og i 1839 var han tilsvarende med på å starte Studenter-Sangforeningen. Han ble senere formann i en lang årrekke for begge foreningene.
Slekten J.P.E. Hartmann selv var gift to ganger. Familien i musikkens og kunstens tjeneste omfatter farfaren Johann Hartmann som innvandret fra Tyskland, onkelen Johan Ernst Hartmann, faren August Wilhelm Hartmann samt J.P.E. Hartmanns sønn Emil Hartmann. Det kan også legges til at datteren Sophie giftet seg med Niels W. Gade og en annen datter Clara med komponisten August Winding. Komponisten Niels Viggo Bentzon, hans sønn jazzpianisten Nikolaj Bentzon samt den belgiske komponisten Jean Pierre Waelbroeck utgjør de seneste skudd på stammen. Emil Hartmanns datter Bodil Hartmann gift de Neergaard holdt i årene rundt 1900 musikalske sammenkomster på herregården Fuglsang mellom Nykøbing Falster og Nysted på Lolland. Her deltok bl.a. Carl Nielsen. I periferien kan man nevne Bodils bror Oluf Hartmann som var maler og til hvis begravelse Carl Nielsen skrev Ved en ung kunstners båre, Niels Viggo Bentzons 2 fettere Jørgen og Johan samt N.W. Gades sønn av andre ekteskap, Axel Gade. De var alle tre involvert i musikken.